Убедитесь, что установлен python3-pip

# apt install python3-pip python3-venv

Создайте виртуальное окружение в удобном месте (например, в /opt/certbot)

# python3 -m venv /opt/certbot-env

Активируйте окружение и установите пакеты

# source /opt/certbot-env/bin/activate
# pip install --upgrade pip
# pip install certbot certbot-dns-timeweb

Теперь для использования certbot вам нужно либо активировать окружение,
либо вызывать его напрямую:

# /opt/certbot-env/bin/certbot certonly --authenticator dns-timeweb \
    --dns-timeweb-credentials /opt/certbot-env/timeweb-creds.ini \
    --dns-timeweb-propagation-seconds 120 \
    -d domain.ru -d *.domain.ru --dry-run