Условие: диск размечен так

Number  Start   End     Size    File system     Name  Flags
 1      1049kB  2097kB  1049kB                        bios_grub
 2      2097kB  514MB   512MB   ext2                  boot
 3      514MB   8706MB  8193MB  linux-swap(v1)
 4      8706MB  2000GB  1992GB  ext4

Раздел 4 это корень установленной на сервере ОС, требуется уменьшить этот раздел до 1000GB не поломав установленуую ОС и данные на разделе.

Для решения этой проблемы нам поможет утилита resize2fs, но для начала нам требуется чтобы модифицируемый раздел был отмонтирован. Поэтому загружаем сервер в recovery/rescue, т. е. с LiveCD.
В LiveCD выполняем

root@server:~# resize2fs /dev/sda4 1000G
resize2fs 1.42 (29-Nov-2011)
Please run 'e2fsck -f /dev/sda4' first.

В первый раз у меня программа ругнулась, что сначала нужно сделать e2fsck, делаем

root@server:~# e2fsck -f /dev/sda4
e2fsck 1.42 (29-Nov-2011)
/dev/sda4: recovering journal
Pass 1: Checking inodes, blocks, and sizes
Pass 2: Checking directory structure
Pass 3: Checking directory connectivity
Pass 4: Checking reference counts
Pass 5: Checking group summary information
Free blocks count wrong (478307399, counted=478307291).
Fix<y>? yes

Free inodes count wrong (121507397, counted=121507389).
Fix<y>? yes


/dev/sda4: ***** FILE SYSTEM WAS MODIFIED *****
/dev/sda4: 61891/121569280 files (0.1% non-contiguous), 7945765/486253056 blocks

Теперь повторно запускаем resize2fs

root@server:~# resize2fs /dev/sda4 1000G
resize2fs 1.42 (29-Nov-2011)
Resizing the filesystem on /dev/sda4 to 262144000 (4k) blocks.
The filesystem on /dev/sda4 is now 262144000 blocks long.

На этот раз все выполнилось успешно и раздел уменьшился. Грузимся в нормальный режим, проверяем что все работает. А освобожденное на диске место размечаем по своему усмотрению.