Vds manager хранит пароли в виде хеша в файле /usr/local/ispmgr/etc/vdsmgr.conf

Для смены пароля на понадобится известный хеш. Возьмем например хеш root пароля из файла /etc/shadow

# cat /etc/shadow|grep root

Копируем строчку с хеш пароля и заменяем старый хеш в vdsmgr.conf. Затем перезапускаем панель

# killall -9 vdsmgr

Заходим в панель с логином admin и паролем root. И меняем пароль на новый.